聚丙烯酰胺在水处理行业应用非常广泛，其出色的絮凝效果使它获得第三絮凝剂这一称号。虽然聚丙烯酰胺本身没有毒害性，但是其单体丙烯酰胺具有一定的毒害性，使用量超标后会对人体造成伤害。
正是由于丙烯酰胺的毒害性，所以在使用聚丙烯酰胺的时候必须按照国家规定的使用标准来做。我国卫生部规定生活饮用水中的聚丙烯酰胺最高使用量为1.0mg/L（经常使用）和2.0mg/L（不经常使用），单体丙烯酰胺的最高浓度不能超过0.01mg/L（经常使用）和0.1mg/L（不经常使用）。在使用聚丙烯酰胺来作为水处理药剂的同时往往还配合使用高锰酸钾，这样不仅能够减少聚丙烯酰胺的使用量，降低了处理成本，还能分解氧化水体中的丙烯酰胺，使得丙烯酰胺的含量降低到国家规定的使用标准以内。
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